Helsingin yliopistossa toimii neljä tutkijakoulua, joissa on yhteensä 32 tohtoriohjelmaa. Jokaisella tohtoriohjelmalla on johtoryhmä, johon kuuluu johtajan lisäksi enintään 8 jäsentä, joista 2 on ohjelman omia tohtorikoulutettavia ja enintään 6 opetus- ja tutkimushenkilöstöä.

Myös tohtorikoulutettaville on tarjolla järjestötoimintaa ja mahdollisuus liittyä jäseneksi Helsingin yliopiston ylioppilaskuntaan. Järjestötoimintaan osallistumalla pääset vaikuttamaan tohtorikoulutettavien asioihin yliopistolla ja tutustut muihin opiskelijoihin.

Yliopiston toimintaa ohjaa sen hallituksen hyväksymä strategia.

Kaikki Helsingin yliopistossa tutkinnon suorittaneet henkilöt, vaihto-opiskelijat sekä työntekijät ovat yliopiston alumneja.